Le premier président, un marxiste, a juré d'éradiquer le christianisme d'ici 20 ans (et a évidemment échoué !). De nombreux croyants ont souffert pendant cette période. Depuis la fin du conflit, la liberté religieuse prévaut, mais le gouvernement tente de contrôler la croissance de nouveaux groupes religieux indigènes et souvent syncrétisés.